Как оказалось, временные зоны вшиваются в пакетик libicu. Соответственно весь софт, зависящий от этой библиотечки все еще живет по Медведевскому времени. Причем вообще непонятно каким вменяемым образом можно читать зоны из системной tzdata (ну, кроме zdump, нужен программный способ).